Fighter Factory Ultimate - http://www.virtualltek.com/
Programa indispensável para quem quer começar a criar ou editar chars,
criar stages, screenpacks e afins. O Fighter Factory é simplesmente a
melhor ferramenta nesse sentido, ótima interface, fácil, simples, com
muitos erros corrigidos das versões anteriores, um programa
nota 10, os makers que estão acostumados com a versão anterior do FF
podem sentir uma leve diferença com o Ultimate, mas não corram para a
versão antiga assim que notarem que estão um pouco perdidos, é fácil
se adaptar e você vai sentir a diferença para melhor nessa versão.

ZCHARCAD - http://www.zgames.com.br/index.pl
Outro bom programa para a edição dos arquivos (SFF, AIR, CNS, ACT, SND e
DEF ), criação de chars e afins, vale apena tentar se estiver
interessado. 

CMD/CNS Editor - http://www.zgames.com.br/index.pl
Editor de CMD e CNS igual ao do Z-CharCAD.
Bom para quem usa muito a ediçao destes arquivos pois é bem mais leve que o ZCC.

Font Editor - http://www.zgames.com.br/index.php?pagina=4
Bom programa para a edição de fontes no mugen, útil para a criação de add-ons e outras coisas mais.

MWC 4.h - http://bytezero.mgbr.net/
Mugen Windows Configurator é um programa criado para facilitar a configuração do Mugen assim como instalar e organizar personagens, cenários e screenpacks.

MCM - Hospedado por nós devido a página do autor estar offline.
Mugen Characters Maker é um programa criado pelo SES para ser usado na criação de personagens.

MEE - http://jeff.sandwich.net/mee/index.html
Mugen Editing Ensemble é mais um programa bem antigo utilizado para a criação de chars.